Florianópolis está localizada em um arquipélago que conta com mais de dez ilhas.

Na parte Norte, fica a Reserva Biológica formada por três Ilhas e um Calhau. A da Galé é considerada um dos pontos mais importantes da costa brasileira para a procriação de fragatas e atobás. A Deserta também é refúgio de aves e a do Arvoredo é considerada uma das mais belas ilhas de Florianópolis. Em nenhuma delas o desembarque e o mergulho são permitidos. Da praia dos Ingleses dá para observá-las.

Ainda ao Norte estão localizadas as ilhas do Mata Fome, Moleques do Norte e do Francês. As duas primeiras não possuem praias, só costões, e por isso são de difícil acesso. Já a do Francês, situada entre Canasvieiras e Jurerê, possui acesso fácil. Costões de pedra, mata verde e uma pequena enseada com praia fazem parte de seu visual.

Na praia do Santinho, duas ilhas são avistadas: a do Badejo e a das Aranhas, segundo a lenda, um reduto de aracnídeos. Ambas não possuem acesso para desembarque. Já na parte Sul de Florianópolis existem três ilhotas: Moleques do Sul, Três Irmãs e do Coral, esta última avistada a partir da praia de Naufragados. As unidades pertencem aos limites do Parque Estadual da Serra do Tabuleiro e a entrada só é permitida com autorização prévia da Unidade de Gestão do Parque. Atualmente, a visitação turística nas ilhas Três Irmãs e do Coral está temporariamente suspensa. Já o acesso a Moleques do Sul é proibido por ser uma área de preservação ambiental.

Quanto às Ilhas de Ratones Grande, Ratones Pequeno e Anhatomirim, na Baía Norte, o acesso não só é permitido como são locais próprios para visitação. Finalmente a Ilha do Campeche, um paraíso de águas cristalinas e areias brancas, localizada na parte leste de Florianópolis é ideal para mergulho e apreciação da natureza.